组织架构是协会实现规范运作和有效治理的基础，通常包括会员（代表）大会、理事会、监事会及秘书处等机构，并根据业务需要设置若干专业委员会或工作部门。

组织架构是指一个组织整体的结构，是在管理要求、管控定位、管理模式及业务特征等多因素影响下，对内部组织资源、流程搭建、业务开展和管理落实等作出的制度安排。

行业协会应当依照法律法规和章程规定，建立健全会员（代表）大会、理事会、监事会等治理机构，明确各层级机构的设置、职责权限、人员编制、工作程序和相关要求，形成权责明确、运转协调、制衡有效的治理机制。

直线制是一种最早也最简单的组织形式。它的特点是各级行政单位从上到下实行垂直领导，下属部门只接受一个上级的指令，各级主管负责人对所属单位的一切问题负责。协会在初创阶段或规模较小时，可参考这种结构设置，以提高决策和执行效率。

直线制组织结构的优点是结构简单、责任分明、命令统一；缺点是要求负责人通晓多种知识和技能，亲自处理各种业务。在业务复杂、规模较大的情况下，将所有管理职能集中于一人往往难以胜任。因此，直线制一般适用于规模较小、业务相对简单的组织。

职能制组织结构是在各级行政单位除主管负责人外，还相应地设立一些职能机构，协助负责人从事职能管理工作。这种结构要求行政主管把相应的管理职责和权力交给相关职能机构，各职能机构在业务范围内有权向下级单位布置工作。

职能制的优点是能适应生产技术比较复杂、管理工作比较精细的特点，能发挥职能机构的专业管理作用，减轻直线领导人员的工作负担。但缺点也很明显：可能妨碍必要的集中领导和统一指挥，形成多头领导，不利于建立健全各级行政负责人和职能机构的责任制。

在职能制下，当下级行政领导与上级职能机构的指令发生矛盾时，下级可能无所适从，影响工作正常进行，容易造成管理秩序混乱。由于存在这些明显缺陷，现代组织一般较少单独采用职能制，而是将其与直线制等结构结合使用。